Hoàng Cơ Minh sinh ngày 20 tháng 6 năm 1935 trong một gia đình khoa bảng và khá giả có đông anh chị em tại Làng Vẽ, xã Đông Ngạc, huyện Từ Liêm, tỉnh Hà Đông (nay thuộc Tp Hà Nội). Thời niên thiếu, ông là học sinh các trường theo giáo trình Pháp: Trung học Nguyễn Trãi và Chu Văn An, Hà Nội. Tốt nghiệp Tú tài toàn phần (Part II). Sau này trong quân ngũ, ông ghi danh học tiếp trường Đại học Luật khoa Sài Gòn và tốt nghiệp 2 chứng chỉ Cử nhân luật.

Quân đội Quốc gia Việt Nam

Trung tuần tháng 7 năm 1954, từ dân chính, Hoàng Cơ Minh tình nguyện nhập ngũ vào Quân đội Quốc gia, mang số quân: 55/700.015. Ông theo học khóa 5 trường Sĩ quan Hải quân Nha Trang, khai giảng ngày 27 tháng 7 năm 1954. Ngày 25 tháng 5 năm 1955 mãn khóa tốt nghiệp với cấp bậc Hải quân Thiếu úy ngành chỉ huy.[1] Ra trường, Hoàng Cơ Minh được chuyển đến phục vụ tại Giang đoàn Xung phong.

Quân lực Việt Nam Cộng hòa

Đầu năm 1958, gần 2 năm sau khi từ Quân đội Quốc gia chuyển sang phục vụ cơ cấu mới là Quân đội Việt Nam Cộng hòa, Hoàng Cơ Minh được thăng cấp Hải quân Trung úy, giữ chức vụ Chỉ huy trưởng Phân đội 4 thuộc Trục lôi hạm Bạch Đằng II HQ-116. Đến đầu năm 1961, ông được thăng cấp Hải quân Đại úy tại nhiệm.

Đầu năm 1963, Hoàng Cơ Minh được bổ nhiệm chức vụ Hạm trưởng Trục lôi hạm Bạch Đằng II HQ-116. Tháng 5 cùng năm được cử đi du học tu nghiệp tại trường hậu Đại học Hải quân Hoa Kỳ (US. Naval Post Graduate School) ở Monterrey thuộc Tiểu bang California. Tháng 10 mãn khóa học về nước, ông được cử làm Chỉ huy phó Trung tâm Huấn luyện Hải quân Nha Trang. Sau cuộc đảo chính 1 tháng 11, ngày 2 tháng 11 cùng năm ông được thăng cấp Hải quân Thiếu tá tại nhiệm.

Đầu năm 1965, Hoàng Cơ Minh được cử đi làm Tuỳ viên Quân lực ở Sứ quán Việt Nam Cộng hòa tại Seoul, Hàn Quốc do ông Ngô Tôn Đạt (là anh vợ của ông) làm Đại sứ.

Tháng 10 năm 1967, hết hạn nhiệm vụ Tuỳ viên Quân lực, ông được triệu hồi về nước. Ngày Quốc khánh Đệ nhị Cộng hòa 1 tháng 11 cùng năm, ông được thăng cấp Hải quân Trung tá, giữ chức vụ Trưởng khối Chiến tranh Chính trị (Trưởng phòng 5) tại Bộ tư lệnh Hải quân. Đến đầu năm 1969, ông được cử theo học lớp Chỉ huy và Tham mưu cao cấp tại Đà lạt. Tháng 6 cùng năm mãn khóa về lại Bộ Tư lệnh Hải quân ông được giữ chức vụ Tham mưu phó Chiến tranh Chính trị.

Ngày Quân lực 19 tháng 6 năm 1971, Hoàng Cơ Minh được thăng cấp Hải quân Đại tá và được bổ nhiệm giữ chức Tư lệnh Lực lượng Thuỷ bộ 211. Ngày 1 tháng 4 năm 1974, ông được thăng Hải hàm Phó Đề đốc, cấp bậc Chuẩn tướng tại nhiệm.